Η ΚΑΠ προωθεί την ανάπτυξη της βιολογικής γεωργίας μέσα από όλα σχεδόν τα μέτρα χρηματοδότησης. Ο στόχος της Ε.Ε. για την βιολογική γεωργίας μέχρι το 2023, τα κράτη μέλη να έχουν 25% των γεωργικών εκτάσεων του ενταγμένα στο σύστημα της βιολογικής παραγωγής. Έτσι μέσα από τα μέτρα τις ΚΑΠ υπάρχει ενίσχυση των γεωργών που εντάσσονται στην βιολογική γεωργία. Επίσης σε όλα τα μέτρα της ΚΑΠ οι βιοκαλλιεργητές και βιοκτηνοτρόφοι επωφελούνται με μεγαλύτερη μοριοδότηση.
